وجه الشيخ جابر بغدادي رسالة إلى الرئيس عبدالفتاح السيسي، قال فيها “رسالتي إلى الرئيس عبدالفتاح السيسي، أقول له فيها سير على بركة الله فإنك مؤيداً من الله ورسوله، ولا تخف من تدابير البشر فإن الله حافظك ومؤيدك”، وأقول له “ثبت الله قدمك وأعز الله قدرك ونفع الله بك البلاد والعباد ونصرك على أعداء مصر”. َوأضاف: “أريد أن أقول للرئيس السيسي  جزاك الله عنا خيراً وعن بلاد العرب وعن الإنسانية وعن حقن الدماء وعن حضارة البلاد وجزاك الله على ماتقوم به لخدمة هذا الشعب، وجزاك الله خيراً عما ما جزى الله به قائداً عن شعبه، ونسأل الله أن يمدد في عمرك وحياتك حتى تصبح مصر في مقدمة الأمم لأن الرجال المخلصين لهذا البلاد قلائل ولكن الله أعزنا بك، فنسأل الله أن يبارك لنا فيك ويحفظك بحفظه”. وأكد بغدادي، أن الدور الذي يقوم به الرئيس عبدالفتاح السيسي منذ توليه مقاليد السلطة، دور هام ومحوري ويؤكد أن هذا الرجل يسعى لرفعة هذه البلاد، فالمشاريع التنمية، والمجتمعات العمرانية خير شاهد على ذلك، فنحن رأينا بأنفسنا ماحدث في العاصمة الإدارية الجديدة من نهضة عالمية، ليس لها مثيل، ونحن واثقون في هذا الرجل بأن الله سيفتح علي يديه خزائن الأرض وينصر مصر نصراَ مؤزراً على أعدائها في الداخل والخارج. وأوضح أن الرئيس السيسي يعتبر الدين أفعال وليس أقوال وهذا ما يحدث فلم نرى من  هذا الرجل إلا الصدق والأمانة، فلم يخون ثقة الشعب المصري فيه، وكان صادقاً منذ اليوم الأول لتولي مقاليد الأمور في البلاد، وكلنا ثقة انه سيعبر بمصر إلى بر الأمان في قضية سد النهضة الأثيوبي،والله عزوجل سيحفظ مصر ويباركها بسر أولياء الله الصالحين الموجودين على أرضها.